Elektroforeza

Elektroforeza DNA i RNA

Elektroforeza, a już szczególnie elektroforeza dna, występuje dzięki pomocy dwóch żeli: agarozowym oraz poliakrylamidowym. W pierwszym przypadku elektroforeza dna polega na tym, że cząsteczki przemieszczają się w żelu w sposób usieciowiony. Ta „migracja” jest jednak silnie zależna od gęstości żelu, środowiska (nośnika), lepkości, stężenia elektrolitu (buforu) czy pH, nie wspominając już o temperaturze i masie cząsteczkowej samego DNA. Co ciekawe to samo dzieje się z czynnikiem RNA, w ten sam sposób.

W drugim przypadku (dotyczy to również elektroforezy rna), podobnie jak w agarozie, elektroforeza polega na rozdzieleniu cząsteczek w polu elektrycznym. Dzieje się to jednak na innym nośniku, czyli na spolimeryzowanej mieszaninie akrylamidu z metylenobisakryloamidem. Katalizatorem takiej reakcji jest N,N,N`,N`-tetrametyloetylenodiamina (czyli TEMED), a inicjatorem nadsiarczan amonu (APS).

Warto wiedzieć, że zaletą żelu poliakryloamidowego jest niski koszt oraz możliwość wybarwienia rozdzielanego DNA. Odbywa się to poprzez srebrzenie, które nadaje bardzo wyraźne i trwałe obrazy.

Elektroforeza SDS

DNA i RNA są cząsteczkami naładowanymi ujemnie, które szukają ładunku dodatniego, jakim jest koniec żelu. Elektroforeza SDS wygląda jednak troszkę inaczej.

Przede wszystkim strona SDS sama w sobie jest rodzajem elektroforezy żelowej, lecz stosowanej do rozdzielania białek. Problem jednak polega na tym, że do elektroforezy SDS potrzebne są specjalne zabiegi, ponieważ same białka są naładowane w sposób ujemny (tak samo jak DNA i RNA) i nie mogą migrować ani do końca dodatniego, ani ujemnego.

Warto wiedzieć, że na temat elektroforezy istnieje coraz więcej publikacji, wyjaśniających to skomplikowane, lecz jak pożądane przez nas zjawisko. Warto je poznać, by dowiedzieć się więcej o otaczającym nas świecie.